MySQL 数据库和文件的内部格式不会因架构而改变，但可能会根据 MySQL 版本略有变化。如果您遇到所有这些麻烦，您需要将您的操作系统切换到 64 位，更新到 MySQL 5.6。
您必须备份您的数据。您不一定需要从中恢复，但您不能只是在新操作系统上拍打并假设它会正常工作。
如果您的数据库位于系统上的单独分区或卷上，您应该可以将操作系统安装在主系统分区上，并相应地重新格式化。要非常小心，不要意外重新初始化驱动器。再一次，这就是为什么备份是必不可少的。
你也没有定义什么是“大”。对于某些人来说，这意味着“几 GB”。数据库引擎也很重要。您应该使用 InnoDB。